Genellikle zararlı yazılımlar yaygın kullanılan işletim sistemleri için tehdit oluşturmaktadır. Dosya mimarisindeki yapı dolayısıyla Pardus sistemlere virüs bulaşma ihtimali çok zayıftır. Ayrıca Bakanlığımızın antivirüs yazılımı, Pardus üzerinde de çalışmakta ve koruma sağlamaktadır.